Podstawowym podejściem teoretycznym stanowiącym ramę prowadzonych działań Instytutu Profilaktyki Zintegrowanej jest model profilaktyki zintegrowanej (Grzelak, 2009). Oto najważniejsze cechy charakterystyczne tego modelu:

• Postrzeganie poszczególnych problemów i zachowań ryzykownych młodzieży w szerokim kontekście wielu innych problemów i zachowań ryzykownych;
• Analizowanie wzajemnych powiązań pomiędzy różnymi problemami młodzieży oraz poszukiwanie ich wspólnych przyczyn i uwarunkowań (czynników ryzyka);
• Podkreślanie znaczenia czynników chroniących w profilaktyce, w tym zwłaszcza tych, które chronią przed wieloma problemami i zachowaniami ryzykownymi jednocześnie;
• Korzystanie z szerokiej gamy wskaźników dotyczących wielu różnych problemów i zachowań ryzykownych zarówno w badaniach diagnostycznych, jak i w badaniach ewaluacyjnych.
• Dostrzeganie i uwzględnianie w profilaktyce roli różnych podmiotów mających wpływ na młodzież:  rodziców, szerszej rodziny, nauczycieli, samorządu, organizacji pozarządowych, organizacji religijnych czy wreszcie samej młodzieży.
• Postrzeganie człowieka w kontekście wszystkich jego wymiarów: fizycznego, psychicznego, intelektualnego, społecznego i duchowego.
• Pragmatyczne podejście do profilaktyki, wyrażające się w poszukiwaniu formuł działania, które przyniosą maksymalne efekty przy możliwie najniższych nakładach.