Program Archipelag Skarbów® opiera się na modelu profilaktyki zintegrowanej, w którym przyjmuje się, że „treści programu muszą dotyczyć kluczowych rozwojowo tematów i uruchamiać głębokie, silne motywacje skłaniające do zgeneralizowanej zmiany postępowania” (Grzelak, 2009; ss. 322-362). Program odwołuje się do marzeń i pragnień młodych ludzi związanych ze szczęściem w miłości i życiu osobistym oraz realizacją życiowych pasji.

Program jest ukierunkowany na osłabienie czynników ryzyka i wzmacnianie działania czynników chroniących, które mają udokumentowany w badaniach związek z podejmowaniem przez młodzież zachowań problemowych (Grzelak i in. 2015). Wzmacniane czynniki chroniące to: więź z rodzicami, nauczycielami oraz innymi pozytywnymi dorosłymi oraz utożsamianie się z własnym system wartości (religijnym lub świeckim). Uczestniczenie w programie ma chronić młodzież przed negatywnym wpływem przebywania w środowisku osób, które sięgają po substancje psychoaktywne (alkohol i narkotyki).